Como emitir uma FR com 2 métodos de pagamento? tipo 10€ MB e 10€ CHQ V10 WEBAPI   

Pelo que estive a ver do meu lado, não parece ser possível algo do género com uma FR.

Primeiramente, no Primavera a FR tem de ter ligação à tesouraria para que, aquando a sua gravação, seja aberto o quadro de Movimentos para Contabilidade e Bancos, onde é possível definir pagamentos feitos com diferentes modos/métodos.

Pela API acho que não é possível definir este comportamento quando se faz uma FR por isso a outra forma será da forma tradicional, ignorando isto por completo, criando uma Fatura seguida de um Recibo para cada método de pagamento referente à fatura criada.

Aliás, sem o módulo de Tesouraria que permite esta divisão dos métodos de pagamento (em que cada um cria um documento de movimento de conta), o defeito das FR é esse mesmo: a dependência de haver apenas um método de pagamento.

Pessoalmente eu faria a fatura e imediatamente documento de liquidação para cada método de pagamento.