Update customer (companyTaxID)   

Olá Rui, é necessário perceber que o CustomerParty é uma extensão do Party.
Ou seja, o CustomerParty contém apenas a parte de informação referente a Vendas, os dados principais da entidade estão no Party.
É no Party que encontrarás a informação da entidade nome, morada, etc e o CompanyTaxId que queres atualizar.

Significa que se tiveres o código do cliente podes fazer diretamente o update no party colocando apenas como payload o nif (entre aspas pois é uma string ex: "999999999")

http://PUT Set CompanyTaxID Party

Se só tiveres o Id do CustomerParty, tens que fazer um get ao customer para obteres o código do cliente 'PartyKey' e depois efetuares o update que indiquei acima.

Pode fazer isso através do
GET CustomerParty (with Party) by identifier

ou por odata,
GET CustomerParties (odata)
mas nesse caso podes pedir só mesmo o que precisas (PartyKey):
.../salesCore/customerParties/odata?$filter=Id eq [colocas aqui o customerpartyid]&$select=PartyKey